ด่านศุลกากรสังขละบุรี มีเขตพื้นที่รับผิดชอบตามประกาศกระทรวงการคลังเรื่อง กำหนดการแบ่งส่วนราชการตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมศุลกากร กระทรวงการคลัง พ.ศ. ๒๕๕๑

รวมทั้งสิ้น ๖ จังหวัด   ได้แก่

1. กาญจนบุรี   2. สุพรรณบุรี   3. ชัยนาท