ประวัติความเป็นมา
ประมาณปี ๒๕๓๒
พ่อค้าผู้นำของเข้าได้ไปร้องยังกรมศุลกากรว่าพื้นที่จังหวัดกาญจนบุรี
ไม่มีด่านศุลกากรหรือด่านฯ ที่ใกล้เคียงเลย
เส้นทางด่านเจดีย์สามองค์เป็นพื้นที่ที่มีการนำเข้ามากพอสมควร
มีทั้งผลิตภัณฑ์เกษตรและของป่าต่างๆ เมื่อปฏิบัติพิธีการไม่ได้ก็มีปัญหากับเจ้าหน้าที่บ้านเมืองฝ่ายอื่นๆกรมศุลกากรได้มอบหมายให้เจ้าหน้าที่ฝ่ายสืบสวน
มาตรวจสอบข้อเท็จจริงโดยต้องนั่งเรือหางยาวจากท่าเสา อ.ไทรโยค
ทวนน้ำแควน้อย ตั้งแต่เช้าจนเย็นจึงถึงสังขละบุรีเก่าซึ่งภายหลังสร้างเขื่อน
กรมศุลกากรจึงเห็นว่ายังไม่ควรสร้างด่านฯ
ถาวร แต่กำหนดพิธีการทางอนุมัติเฉพาะคราวไปก่อน
โดยจัดเจ้าหน้าที่เข้ามาอยู่ที่อำเภอทองผาภูมิ เพื่อรับปฏิบัติพิธีการ
ปัญหาก็ลุล่วงไปขั้นหนึ่ง ภายหลังจึงได้มีกฎกระทรวงและก่อสร้างด่านฯ ขึ้น ณ
ที่ปัจจุบัน
ปัจจุบันด่านศุลกากรสังขละบุรี
เป็นด่านสำคัญและเป็นด่านศุลกากรด่านเดียวในจังหวัดกาญจนบุรี
รับผิดชอบจัดเก็บภาษีและอำนวยความสะดวกด้านการบริการพิธีการทางศุลกากรแก่การค้า
ปริมาณการค้าหลายหมื่นล้านบาท ภาษีศุลกากรรวมภาษีการค้าเกือบสองพันล้านบาท
และมีส่วนร่วมกับส่วนราชการอื่นดูแลรับผิดชอบการป้องกันและปราบปรามความผิดต่างๆ
ตามแนวชายแดนประเทศสหภาพเมียนมาร์อันยาวเหยียด
มีช่องทางเข้าออกมาก มีชนกลุ่มน้อยเป็นปัญหาความมั่นคงของทั้ง ๒ ประเทศด้วย