ประวัติความเป็นมา

          ประมาณปี ๒๕๓๒ พ่อค้าผู้นำของเข้าได้ไปร้องยังกรมศุลกากรว่าพื้นที่จังหวัดกาญจนบุรี ไม่มีด่านศุลกากรหรือด่านฯ ที่ใกล้เคียงเลย เส้นทางด่านเจดีย์สามองค์เป็นพื้นที่ที่มีการนำเข้ามากพอสมควร มีทั้งผลิตภัณฑ์เกษตรและของป่าต่างๆ เมื่อปฏิบัติพิธีการไม่ได้ก็มีปัญหากับเจ้าหน้าที่บ้านเมืองฝ่ายอื่นๆกรมศุลกากรได้มอบหมายให้เจ้าหน้าที่ฝ่ายสืบสวน มาตรวจสอบข้อเท็จจริงโดยต้องนั่งเรือหางยาวจากท่าเสา อ.ไทรโยค ทวนน้ำแควน้อย ตั้งแต่เช้าจนเย็นจึงถึงสังขละบุรีเก่าซึ่งภายหลังสร้างเขื่อน

  กรมศุลกากรจึงเห็นว่ายังไม่ควรสร้างด่านฯ ถาวร แต่กำหนดพิธีการทางอนุมัติเฉพาะคราวไปก่อน โดยจัดเจ้าหน้าที่เข้ามาอยู่ที่อำเภอทองผาภูมิ เพื่อรับปฏิบัติพิธีการ ปัญหาก็ลุล่วงไปขั้นหนึ่ง ภายหลังจึงได้มีกฎกระทรวงและก่อสร้างด่านฯ ขึ้น ณ ที่ปัจจุบัน

  ปัจจุบันด่านศุลกากรสังขละบุรี เป็นด่านสำคัญและเป็นด่านศุลกากรด่านเดียวในจังหวัดกาญจนบุรี รับผิดชอบจัดเก็บภาษีและอำนวยความสะดวกด้านการบริการพิธีการทางศุลกากรแก่การค้า ปริมาณการค้าหลายหมื่นล้านบาท ภาษีศุลกากรรวมภาษีการค้าเกือบสองพันล้านบาท และมีส่วนร่วมกับส่วนราชการอื่นดูแลรับผิดชอบการป้องกันและปราบปรามความผิดต่างๆ ตามแนวชายแดนประเทศสหภาพเมียนมาร์อันยาวเหยียด มีช่องทางเข้าออกมาก มีชนกลุ่มน้อยเป็นปัญหาความมั่นคงของทั้ง ๒ ประเทศด้วย